اختلف الباحثين حول أصل اسم المنيا، فذكر المؤرخ أميلينو أن المدينة الحالية التي تقع بين طحا والبهنسا قد عرفت في العصر الفرعوني باسم «المنيا» (Moni) أو المرضعة: (Moone).
وزاد «جوتييه، وکاتریمبر وبروکش» تلك التسمية ايضاحاً قائلين إنها كانت تسمى «منية خوفو Mnat Khoufou» بمعنى: مرضعة خوفو.
غير أن ماسبيرو ذكر أن منية خوفو ليست هي المنيا الحالية، وإنما هي مدينة العنبجة التي تقع بالقرب من بني حسن، وكانت مركزًا لسلطة الأشراف بالدولة الوسطى في العصر المصري القديم.
حيث وردت هذه التسمية في نقوش ترجع إلى عصر الأسرة الرابعة بمقابر بني حسن؛ حيث ذكر ماسبيرو أنها كانت إحدى ضياع الملك سنفروا التي اقتطعها لابنة خوفو والتي أسماها منعت خوفو أي مرضعة الملك خوفو.
كما يرى بعض المؤرخين أن الأصل التاريخي لكلمة المنيا يرجع إلى كلمة "موني"، وقد ذكر أميلينو اسمها القبطي (Temoni)، ووردت أيضًا باسم (Tomoone)، وهي مذكورة بين طحا المدينة والبهنسا.
وقال إن كلمة (Moone) لفظ قبطي معناه المنزل أو المحل.
وقد ذكر جوتييه ناحية اسمها القبطي (Timoune)، وخلفه ماسبيرو في ذلك باعتبار أن كلمة المنيا هي اسم عربي.
وذكرها الإدريسي باسم منية ابن الخصيب، وفي معجم البلدان باسم "مدينة" ابن الخصيب، وفي الخطط المقريزية باسم منية الخصيب.
وفي قوانين ابن مماتي وتحفة الإرشاد والتحفة باسم منية بني خصيب.
وسجلتها أيضًا دفاتر الروزنامة القديمة في العصر العثماني.
ملاحظة: "جوتييه" (Émile Guimet)، و"كاتريمبر" (Jean Capart)، و"بروكش" (Carl Richard Lepsius أو Prisse d'Avennes): جميعهم مستشرقون أو علماء آثار زاروا مصر وارتبطت أعمالهم بالمنيا.
والروزنامة كانت ديوانًا ماليًا وإداريًا مهمًا في العصر العثماني، تحتوي على معلومات عن القرى والضرائب والسكان وتُعد مصدرًا مهمًا في توثيق تاريخ مصر.